Hammarby IF Innebandy startades år 1993 av Ari Juustovaara. Tyvärr lämnade Ari Juustovaara föreningen, men han blir för alltid ihågkommen som grundaren av Hammarby IF Innebandy.
År 1998 bildades en fristående sektion i alliansföreningen Hammarby IF. Föreningen startade med ett herrlag säsongen 1993/94 och redan säsongen efter startade damerna sin verksamhet med spel i div 4. En stor ungdomsverksamhet har också arbetats upp med åren.
Antalet medlemmar i Hammarby IF Innebandy är för tillfället ungefär 400 st.